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有機污染物在土壤微生物的作用下，可以使有機物逐步無機化或腐殖質(zhì)化。

1.有機污染物的無機化

含氮有機物在土壤微生物的作用下，首先分解成氨或銨鹽，稱為氨化階段。如果氧氣充足，在亞硝酸菌的作用下，氨就被氧化成亞硝酸鹽，并且進一步在硝酸菌的作用下氧化成硝酸鹽，這稱為硝化階段。如果氧氣不足，在厭氧條件下，就不能完成硝化階段。

含硫和磷的有機質(zhì)，在氧氣充足的條件下可最終轉(zhuǎn)化為硫酸鹽或磷酸鹽而達到徹底無機化。醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理在厭氧條件下則產(chǎn)生硫醇、硫化氫或磷化氫等惡臭物質(zhì)，和含氮有機物產(chǎn)生的氨等一起以惡臭污染環(huán)境。

含碳有機物在氧氣充足的條件下最終被分解、氧化成二氧化碳和水，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理在厭氧條件下則產(chǎn)生甲烷。

2.有機污染物的腐殖質(zhì)化

有機物在微生物的作用下分解成為簡單的化合物的同時，又重新合成復(fù)雜的高分子化合物，稱為腐殖質(zhì)。腐殖質(zhì)是一種質(zhì)地疏松、暗褐色的、含氮量很高的有機化合物，它的成分很復(fù)雜，其中含有木質(zhì)素、蛋白質(zhì)、碳水化合物、脂肪和腐殖酸（如胡敏酸、富里酸等）。腐殖質(zhì)化學(xué)性質(zhì)穩(wěn)定，病原菌已經(jīng)死滅，衛(wèi)生上是安全的，不招蒼蠅，沒有不良臭味，有機物達到了理想的無害化程度。腐殖質(zhì)又是理想的農(nóng)業(yè)肥料。所以，人工堆肥法處理有機污染物，就是使大量有機污染物在短時間內(nèi)轉(zhuǎn)化為腐殖質(zhì)而達到無害化的目的。