超凈工作臺使用前應用紫外燈照射30～40分鐘，并檢查操作區(qū)周圍各種可開啟的門窗處于工作時位置。操作最好在操作區(qū)的中心位置進行，在設(shè)計上，這是一個較安全的區(qū)域。

在進行操作前應對實驗材料有一個初步的認識，同時了解自已所使用的設(shè)備的性能及安全等級。嚴格執(zhí)行實驗室安全規(guī)程。特定病原在任何超凈工作臺中的使用必須進行安全性評估。如果實驗材料會對周圍環(huán)境造成環(huán)境污染，就應避免在無排氣濾板的型號內(nèi)使用，因為在流動空氣中操作與散毒無異。

任何先進的設(shè)備并不能保證實驗的成功，動物檢疫實驗室超凈工作臺的使用是以無菌和避免交叉污染為目的，因此熟練的操作和明確的無菌要領(lǐng)是必不可少的。