根據(jù)上述職責，省衛(wèi)生廳設11個職能處室。

　　（一）辦公室（外事處）

　　協(xié)調廳機關政務、事務；負責機關文秘、信訪、保密、檔案工作，協(xié)調機關后勤管理工作；組織參與醫(yī)療衛(wèi)生方面的政府與民間的多邊、雙邊合作交流與衛(wèi)生援外工作；負責醫(yī)療衛(wèi)生方面的引進項目、勞務輸出等對外聯(lián)系工作；負責機關和直屬單位的外事活動管理。

　　（二）政策法規(guī)處

　　研究起草地方性衛(wèi)生法規(guī)、政策；負責全省衛(wèi)生體制改革并就重大問題進行調查研究；負責衛(wèi)生行政復議工作；指導地方衛(wèi)生法制建設及宣傳工作。

　　（三）規(guī)劃財務處

　　研究擬定全省衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展規(guī)劃；組織實施衛(wèi)生服務價格工作；負責對廳直單位國有資產(chǎn)管理；負責省本級衛(wèi)生預算經(jīng)費管理；提出并組織實施衛(wèi)生基本建設計劃；醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理組織國內(nèi)外衛(wèi)生貸款項目工作；負責對廳直單位的衛(wèi)生審計工作；負責衛(wèi)生信息統(tǒng)計工作。

　　（四）衛(wèi)生監(jiān)督處

　　研究擬定全省衛(wèi)生監(jiān)督工作的政策；監(jiān)督實施衛(wèi)生法律、法規(guī)、技術規(guī)范和標準；負責衛(wèi)生執(zhí)法監(jiān)督工作；監(jiān)督管理傳染病防治和食品、職業(yè)、環(huán)境、放射、學校衛(wèi)生工作；組織實施食品、化妝品質量管理規(guī)范并負責認證工作；指導全省職業(yè)病防治工作。

　　（五）基層衛(wèi)生與婦幼保健處

　　研究擬定農(nóng)村衛(wèi)生、社區(qū)衛(wèi)生服務的發(fā)展規(guī)劃；指導初級衛(wèi)生保健規(guī)劃的實施；指導城市基層衛(wèi)生服務體系的改革；組織落實婦幼衛(wèi)生和提高出生人口素質工作的發(fā)展規(guī)劃、政策措施和技術標準；監(jiān)督母嬰保健專項技術服務的實施。

　　（六）醫(yī)政處

　　研究指導全省醫(yī)療機構改革；擬定醫(yī)療機構發(fā)展規(guī)劃和政策；負責實施地方性醫(yī)療法規(guī)；監(jiān)督管理醫(yī)療技術質量標準、醫(yī)務人員執(zhí)業(yè)標準、服務規(guī)范和質量的實施工作；依法監(jiān)督管理血站，單采血漿站的采供血及臨床用血質量；負責醫(yī)德、醫(yī)風建設；負責醫(yī)療事故的技術鑒定；協(xié)助市、縣政府和有關部門對重大人員傷亡事故緊急救護。

　　（七）中醫(yī)處

　　研究擬定中醫(yī)、中藥、中西醫(yī)結合工作的有關政策、規(guī)章及中醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展規(guī)劃；組織實施中醫(yī)醫(yī)療、保健、中藥、中醫(yī)護理、中西醫(yī)結合等人員的技術職務評定標準和執(zhí)業(yè)資格標準；醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理指導和管理各類（包括個體）中醫(yī)醫(yī)療保健機構；協(xié)調和指導中醫(yī)醫(yī)療、科研等體制改革；指導和監(jiān)督中醫(yī)醫(yī)療、預防、保健、康復、護理及臨床用藥；指導中醫(yī)藥科學研究、技術開發(fā)工作；負責中醫(yī)（藥）重大科研課題的攻關及轉化工作。

　　（八）疾病控制處（省愛國衛(wèi)生運動委員會辦公室）

　　研究擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛(wèi)生相關疾病的防治規(guī)劃和措施；依法組織對重大傳染病、地方病的綜合防治；組織全省衛(wèi)生技術力量，對重大突發(fā)疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發(fā)生、蔓延；協(xié)調并指導健康教育工作。承擔省愛國衛(wèi)生運動委員會的日常工作。

　　（九）科技教育處

　　研究擬定醫(yī)學科技和醫(yī)學教育發(fā)展規(guī)劃、政策；指導醫(yī)學科技攻關、醫(yī)學科技成果的轉化、普及和應用工作；指導醫(yī)學教育工作；管理非獨立的醫(yī)學科研機構及集體、個體醫(yī)學科研機構。

　　（十）保健辦公室

　　負責省管保健對象以及國家領導人和重要外賓在遼寧期間的醫(yī)療保健工作。

　　（十一）人事處

　　指導全省衛(wèi)生系統(tǒng)醫(yī)務人員及行政干部隊伍建設工作；醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理承辦并指導機關、直屬單位人事、勞動工資和機構編制的管理工作；承辦直屬單位領導班子和機關干部的考核任免工作。

　　機關黨委負責廳機關及直屬單位的黨群工作。

　　設置紀檢組、監(jiān)察處合署辦公，負責紀檢和行政監(jiān)察工作。