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北京大學藥學院始建于1941年引，原名為北京大學中藥研究所，1943年以此為基礎建立了北京大學醫(yī)學院藥學系，設本草專業(yè)和制藥專業(yè)；1952年醫(yī)學院獨立建院，隨之改名為北京醫(yī)學院藥學系，設藥學、藥物化學、應用化學（醫(yī)藥）三個專業(yè)；1985年隨學校更名為北京醫(yī)科大學藥學院，設藥學、藥物化學、藥理學三個專業(yè)。2000年4月原北京醫(yī)科大學和北京大學合并組建新的北京大學，隨之更名為北京大學藥學院。

至今藥學院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國科學院院士，樓之岑教授為中國工程院院士醫(yī)學|教育網整理。

藥學院現(xiàn)有在職職工194名，其中教授35名、副教授39名，中國科學院院士2名，“長江學者獎勵計劃”特聘教授1名，杰出青年基金獲得者5名，教育部跨世紀（新世紀）人才3名，教育部創(chuàng)新團隊1個；全國優(yōu)秀教師1名，北京市教學名師1名，北京市優(yōu)秀教師8名，博士生導師27名、碩士生導師41名，具有博士學位的教師61名，占專任教師總數的50.4%，具有碩士學位的教師42名，占專任教師總數的34.7%.