蘭州大學基礎醫(yī)學院創(chuàng)建于1978年。初建時稱醫(yī)學基礎部，1992年改稱基礎醫(yī)學部，2001年6月成立基礎醫(yī)學院。原基礎醫(yī)學部有11個醫(yī)學基礎課教研室（人體解剖學、組織胚胎學、生理學、生物化學、微生物與免疫學、病理解剖學、病理生理學、生物學與遺傳學、寄生蟲學、中醫(yī)學、藥理學），5個公共課教研室（數(shù)學、物理、化學、體育和外語教研室）；1992年學校決定將藥理教研室劃歸到藥學系，原屬科研處的包蟲病研究室歸到基礎部�；�礎部承擔全校本、專科各專業(yè)學生前期醫(yī)學基礎課和公共基礎課的教學任務；同時培養(yǎng)基礎醫(yī)學研究生和進修生，并從事基礎醫(yī)學科學研究，是一個多學科綜合的基礎教學和科研部門。我院堅持“以教學為中心，以學生為主體”的方針，把師資隊伍的培養(yǎng)和建設作為職業(yè)道德建設的一項重點工作來抓，鼓勵中青年教師繼續(xù)深造和進修學習，使中青年教師中碩士、博士學歷的比例比以前大為提高，加快了人才培養(yǎng)，穩(wěn)定了師資隊伍。

1997年1月和2000年7月分別組建了醫(yī)學形態(tài)學實驗室和人體解剖學實驗室，并被省教育廳評估為省級合格實驗室。醫(yī)學形態(tài)學實驗室承擔生物與遺傳學、組織胚胎學、病理解剖學、微生物學、免疫學和寄生蟲學等課程的實驗教學。人體解剖學實驗室承擔系統(tǒng)解剖學、局部解剖學、斷層解剖學、口腔頜面局部解剖學、解剖生理學等實驗教學。

2001年6月原蘭醫(yī)內部管理體制改革，把原基礎醫(yī)學部與原臨床醫(yī)學系合并成立基礎醫(yī)學院，把原外文教研室和體育教研室與基礎部分離，分別成立原蘭州醫(yī)學院外文教學部和體育教學部；把原數(shù)學、物理、化學教研室與基礎部分離，成立蘭州醫(yī)學院公共課教學部（2002年改稱醫(yī)學工程系）。2002年組建了醫(yī)學機能學實驗室和生物化學與分子生物學實驗室，并于2002年12月被省教育廳評估為省級合格實驗室。醫(yī)學機能學實驗室承擔生理學、病理生理學、藥理學、醫(yī)學心理學、中醫(yī)學五門課程的實驗教學。

2004年11月18日，隨原蘭州醫(yī)學院并入蘭州大學。把原蘭州醫(yī)學院護理系、原蘭州醫(yī)學院影像學專業(yè)并入基礎醫(yī)學院，原基礎醫(yī)學院臨床醫(yī)學專業(yè)劃歸新成立的臨床醫(yī)學院，2005年3年9日成立蘭州大學基礎醫(yī)學院。

目前，基礎醫(yī)學院仍是醫(yī)學校區(qū)最大的教學、科研部門�，F(xiàn)有本科專業(yè)五個（醫(yī)學影像學、醫(yī)學檢驗學、醫(yī)學心理學、醫(yī)學麻醉學、 護理學），碩士點八個（生理學、病理學與病理生理學、病原學、人體解剖學與組織胚胎學、生物化學與分子生物學、中西醫(yī)結合臨床、免疫學、中西醫(yī)結合基礎），博士點一個（中西醫(yī)結合臨床）。現(xiàn)有教研室13個（人體解剖學、組織胚胎學、生物學與遺傳學、生理學、生物化學與分子生物學、病原生物學、免疫學、病理解剖學、病理生理學、醫(yī)學心理學、中醫(yī)學、法醫(yī)學）；實驗室4個（醫(yī)學機能學、醫(yī)學形態(tài)學、人體解剖學、生物化學與分子生物學）；研究室4個（中西醫(yī)結合研究所、基礎醫(yī)學研究所、包蟲病研究室、醫(yī)學心理學研究室）；中心3個（大學生心理健康教育中心、遺體捐獻中心、司法醫(yī)學鑒定中心）。有教職工166人，專職教師121人（其中教授18人，副教授26人，講師38人，助教33人，未定6人），教輔31人，學生管理干部5人，辦公室干部9人。專職教師中有博士（包括在讀）28人，占23%；碩士（包括在讀） 60人，占58 %；專職教師中研究生以上學歷的比例達81%.35歲以下教師63名，其中具碩士以上學歷（含在讀）52名，占82%.各主要學科基本形成結構合理、水平較高的教學科研隊伍。教職工中有中共黨員89人，入黨積極分子20余人。現(xiàn)有普通本�？茖W生831人，其中黨員36人，入黨積極分子400余人。

多年來，基礎醫(yī)學院始終堅持以教學和科研為中心的指導思想，重視師資培養(yǎng)及學科建設，堅持教學、科研相結合，廣泛開展教學改革和科學研究，并取得了較好成績。九八年以來，獲教學成果獎21項，承擔國家級、省部級科研項目30項，在國際學術刊物上發(fā)表論文50余篇，國內學術刊物上發(fā)表論文800余篇，出版各種專著、教材、譯著50部，參編全國高等院校教材18部。本部門歷任領導班子都十分重視教職工職業(yè)道德教育，制定有完備的職業(yè)道德規(guī)范和行之有效的規(guī)章制度，這些都成為廣大教師日常工作的行為規(guī)范。教師熱愛本職，甘為人梯，為人師表，默默奉獻，在教書育人、科技開發(fā)及其他各類活動中表現(xiàn)突出，原基礎部1999年獲甘肅省思想政治工作先進集體；黨總支2001年獲甘肅省黨的建設優(yōu)秀基層單位 ，2003年8月，基礎醫(yī)學院獲甘肅省工會“模范職工之家”榮譽稱號：“五一”勞動獎章獲得者1人；省級優(yōu)秀專家3人；全國優(yōu)秀教師1人；享受國務院政府津貼專家11人；甘肅省“333、555”人才工程第一、二層次人員8人；省級跨世紀學科帶頭人5人；省園丁獎獲得者3人；省青年教師成才獎獲得者4人；全國高�？萍枷冗M工作者1人；全國先進教育工作者1人。

并入蘭州大學后，全院師生員工正以 開拓創(chuàng)新、引領未來、教學科研爭創(chuàng)一流的精神；力足西北，面向全國；在工作中以人為本，質量優(yōu)先；決心把學院建設成一個充滿生機與活力、具有鮮明辦學特色的二級學院。