南京醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院通過向國內(nèi)外引進(jìn)高層次學(xué)科帶頭人和學(xué)術(shù)骨干，并整合南京醫(yī)科大學(xué)原有的師資力量，目前已形成一支學(xué)歷層次高、教學(xué)經(jīng)驗(yàn)豐富、科研能力強(qiáng)的師資隊(duì)伍。學(xué)院現(xiàn)有教職員工65人，其中教師46人，實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員12人，專職行政管理人員7人。教師中正副教授24人，博導(dǎo)7人、碩導(dǎo)17人，另有兼職正副教授12人。

學(xué)院現(xiàn)設(shè)有4個(gè)學(xué)系：化學(xué)系、藥理學(xué)與藥物化學(xué)系、藥物分析與藥劑學(xué)系以及臨床藥學(xué)系；一個(gè)江蘇省藥學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心；6個(gè)研究中心，分別為：江蘇省基因藥物技術(shù)中心、醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理應(yīng)用藥物研究所、藥物分析測試中心、腦血管病研究室、天然藥物研究所、干細(xì)胞與神經(jīng)再生研究所。涵蓋了化學(xué)、藥物化學(xué)、藥物制劑學(xué)、藥物分析學(xué)、藥理學(xué)、臨床藥學(xué)、天然藥物學(xué)等學(xué)科，其中藥理學(xué)科為國家重點(diǎn)學(xué)科，藥學(xué)一級學(xué)科為省級重點(diǎn)學(xué)科，藥物化學(xué)和藥物分析學(xué)為校重點(diǎn)學(xué)科。學(xué)院設(shè)立了藥學(xué)一級學(xué)科博士后科研流動站，具有藥學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位和碩士學(xué)位授權(quán)資格。