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沈陽藥科大學制藥工程學院是沈陽藥科大學辦學歷史最長的院（系）之一。其前身為東北藥學院制藥系，經(jīng)東北行政委員會批準，于1949年正式成立。
制藥工程學院現(xiàn)設有藥物化學和制藥工程與環(huán)境科學兩個系，下設五個專業(yè)教研室、兩個實驗教學中心。擁有藥學博士后流動站和藥物化學、制藥工程兩個二級學科博士學位授權(quán)點，藥物化學學科為遼寧省重點學科；設有化學和化學工程與技術(shù)兩個一級碩士學位授權(quán)點。招收藥物化學、制藥工程專業(yè)博士研究生；招收藥物化學、制藥工程、生物化工、醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理應用化學、化學工藝、化學工程、環(huán)境化工、無機化學、有機化學、高分子化學與物理等10個專業(yè)的學術(shù)型碩士研究生以及藥物化學、制藥工程方向藥學專業(yè)學位碩士研究生。招收制藥工程、環(huán)境科學、應用化學、藥物化學4個專業(yè)本科生，制藥工程專業(yè)被教育部評為國家特色專業(yè)，應用化學專業(yè)為省級特色專業(yè)。
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