溫州醫(yī)科大學藥學院創(chuàng)辦于2001年。設有生物治療與生殖醫(yī)學二級博士點、藥學和中藥學一級學科碩士點、中藥學專業(yè)學位碩士點：“藥理學與生化藥學”為浙江省第二批重中之重建設學科�，F(xiàn)有2個浙江省重點實驗室和2個浙江省實驗教學示范中心，建立了國家新藥開發(fā)工程技術研究中心制劑工程研究基地、基因工程藥物國家工程研究中心中試研究基地；具有1個國家認證的中藥材GAP基地。

藥學院設有藥學系、中藥學系醫(yī)學|教育網搜集整理、生物制藥系、臨床藥學系、實驗教學中心和執(zhí)業(yè)藥師培訓與繼續(xù)教育中心。現(xiàn)有4個本科專業(yè)：藥學、中藥學、制藥工程、臨床藥學。目前具有在校生約1000人（不含獨立學院——溫州醫(yī)科大學仁濟學院藥學系），其中博士研究生3人，碩士研究生180余人，本科生750余人，藥學自考生50余人。學院已形成從自考、本科到碩士、博士等多層次較完善的藥學教學體系。