主管藥師考試科目分為：“基礎知識”、“相關專業(yè)知識”、“專業(yè)知識”、“專業(yè)實踐能力”等4個科目。各個科目所涉及的考試內容如下：

基礎知識：生理學、病理生理學、生物化學、微生物學、天然藥化、藥物化學、藥物分析

相關專業(yè)知識：藥劑學、藥事管理

專業(yè)知識：藥理學

專業(yè)實踐能力：醫(yī)院藥學綜合知識與技能（總論）、醫(yī)院藥學綜合知識與技能（各論）