上海第二醫(yī)科大學(xué)：

1985年，市政府批準(zhǔn)上海第二醫(yī)學(xué)院更名為上海第二醫(yī)科大學(xué)。上海市教衛(wèi)黨委決定二醫(yī)正式實行院長負(fù)責(zé)制。院長對二醫(yī)的行政實行統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，對醫(yī)、教、研各項工作全面負(fù)責(zé)。黨委對行政實行保證監(jiān)督。

3月衛(wèi)生部批準(zhǔn)成立上海第二醫(yī)學(xué)院臨床藥理研究中心。5月，國家教委批準(zhǔn)二醫(yī)增設(shè)高級護(hù)理專業(yè)，學(xué)制五年。市高教局批準(zhǔn)成立高級護(hù)理系。5月，學(xué)校建立社會科學(xué)系醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理。本年度，二醫(yī)大醫(yī)學(xué)生物工程研究中心、上海第二醫(yī)科大學(xué)傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)研究中心分別成立。

1986年，經(jīng)國家教委批準(zhǔn)，建立衛(wèi)生管理專業(yè)。上海市計劃生育委員會同意二醫(yī)大成立上海市生殖醫(yī)學(xué)研究與培訓(xùn)中心。學(xué)校設(shè)置成人教育處，撤銷原教務(wù)處下屬業(yè)余教育科建制。本年度，學(xué)校首次招收醫(yī)學(xué)臨床博士生。

1987年，衛(wèi)生部同意在上海第二醫(yī)科大學(xué)建立“全國醫(yī)學(xué)法語培訓(xùn)中心”。同年，上海血液研究所、二醫(yī)大口腔醫(yī)學(xué)院分別成立。

1988年，經(jīng)國家教委批準(zhǔn)上海第二醫(yī)科大學(xué)為試辦七年制的高等醫(yī)學(xué)院校之一。學(xué)校開始招收外國碩士研究生。學(xué)校決定成立社會科學(xué)部和衛(wèi)生管理系，撤銷原社會科學(xué)系。二醫(yī)大與復(fù)旦大學(xué)建立校際合作，培養(yǎng)臨床醫(yī)學(xué)七年制及五年制英文班學(xué)生。市高教局批準(zhǔn)二醫(yī)大設(shè)置醫(yī)學(xué)營養(yǎng)專業(yè)，學(xué)制五年。同年，上海市整復(fù)外科研究所、上海市燒傷研究所分別成立。免疫研究所更名為“上海市免疫遺傳學(xué)與免疫病理學(xué)合作中心”。

1989年，經(jīng)市高教局批準(zhǔn)，成立上海第二醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。市教衛(wèi)辦批復(fù)，同意上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬新華衛(wèi)校、瑞金醫(yī)院護(hù)校及九院護(hù)校合并為上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬衛(wèi)生學(xué)校。1988年6月至1989年6月先后為上海市第六人民醫(yī)院，上海市紡織局第一、二醫(yī)院，盧灣區(qū)中心醫(yī)院，市醫(yī)學(xué)檢驗中心，市兒童醫(yī)院，市精神衛(wèi)生中心等11所醫(yī)院舉行教學(xué)醫(yī)院掛牌儀式。

1991年，上海市編制委員會同意建立上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬上海兒童醫(yī)學(xué)中心。中法合作建設(shè)的衛(wèi)生部上海第二醫(yī)科大學(xué)法語培訓(xùn)中心在學(xué)校揭牌。經(jīng)國家人事部、全國博士后管委會批準(zhǔn)，二醫(yī)大設(shè)立臨床醫(yī)學(xué)博士后流動站。同年，上海市激光醫(yī)學(xué)研究所成立。

1992年，二醫(yī)大開始招收外國博士研究生。

1993年，中國國內(nèi)第一家人類基因治療研究中心、二醫(yī)大生物力學(xué)研究室、上海市人類基因組研究重點實驗室相繼成立。上海市高教局醫(yī)學(xué)細(xì)胞生物學(xué)重點實驗室在二醫(yī)大掛牌。同年，上海市高級護(hù)理中心在瑞金醫(yī)院揭牌。

1994年，二醫(yī)大臨床醫(yī)學(xué)教育研究中心成立。國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)二醫(yī)大為自行審定博士導(dǎo)師的試點單位。

1996年，二醫(yī)大成人教育學(xué)院成立。上海市人民政府組織的專家評審委員會對本校申請進(jìn)入“211工程”進(jìn)行了部分預(yù)審，同意列入國家“211工程”建設(shè)項目。

1997年，上海第二醫(yī)科大學(xué)同意將上海兒童醫(yī)學(xué)中心列為新華醫(yī)院分支機構(gòu)。

1998年，上海消化外科研究所、上海人類基因組研究中心成立。嘉定衛(wèi)校建制歸并上海二醫(yī)大衛(wèi)校。

1999年，上海市小兒先天性心臟病研究所、上海第二醫(yī)科大學(xué)小兒血液腫瘤研究中心及二醫(yī)大與中科院上海生命科學(xué)研究院共建的“上海生命科學(xué)研究院健康科學(xué)中心”相繼成立。瑞金醫(yī)院與盧灣區(qū)中心醫(yī)院、上海市政醫(yī)院合作合并正式啟動。

2000年，上海第二醫(yī)科大學(xué)全科醫(yī)學(xué)培訓(xùn)中心宣告成立舉行揭牌儀式醫(yī)學(xué)教|育網(wǎng)搜集整理。這是上海市成立的第一家全科醫(yī)學(xué)培訓(xùn)中心。上海第二醫(yī)科大學(xué)與上海交通大學(xué)聯(lián)合組建醫(yī)學(xué)內(nèi)植物工程聯(lián)合研究所。

2001年，上海市精神衛(wèi)生院中心與二醫(yī)大實行強強聯(lián)合，共建精神衛(wèi)生臨床醫(yī)學(xué)院。上海第二醫(yī)科大學(xué)發(fā)育生物學(xué)研究中心成立。二醫(yī)護(hù)理專業(yè)由五年制改為四年制。

2002年，中法生命科學(xué)和基因研究中心、二醫(yī)大公共衛(wèi)生學(xué)院、遠(yuǎn)程教育學(xué)院成立。由中科院上海生命科學(xué)研究院和二醫(yī)大聯(lián)合成立的“健康科學(xué)中心”舉行揭牌儀式。

2003年，二醫(yī)大護(hù)理學(xué)院及上海第二醫(yī)科大學(xué)微創(chuàng)外科中心成立。

2004年，教育部公布首批國家精品課程，二醫(yī)大王一飛教授領(lǐng)銜的“組織胚胎學(xué)”名列其中。二醫(yī)大研究生院、二醫(yī)大“國藥人文與衛(wèi)生管理學(xué)院”成立。中法共建的“中國科學(xué)院上海巴斯德研究所”、二醫(yī)大與蒙納士大學(xué)合作協(xié)議簽字暨中澳衛(wèi)生管理教育研究培訓(xùn)中心分別揭牌成立。二醫(yī)大與芬蘭北中部綜合大學(xué)聯(lián)合創(chuàng)立的“中芬醫(yī)學(xué)教育中心”在芬蘭科科拉市揭牌。